ヒューズが飛ぶ原因は様々ですが、トラブル対応の基本は原因の切り分けです。「何をするとヒューズが飛ぶのか」色々試してみます。
電装品を全て同時にonしてみましたがセーフでした。どうやら電気の使い過ぎではなさそうです。
続いて、スロットルを全開にし発電量を最大にしたときの充電電圧を計ると、13V位で安定しています。過充電でもないようです。
その直後、スロットルを全閉にした時、ヒューズが飛びました。現象が再現しました。
再度新しいヒューズを入れ、今度はエンジンを掛けずにスロットルを全閉にしてみたところ、やはりヒューズが飛びました。
現象を意図的に再現出来るようになったので、スロットル周辺を確認してみると、写真の赤矢印のところにヘッドライトスイッチに繋がる配線が絡んでいました。（写真は改善後の状態）
これは、スロットルを全閉の位置で止めるストッパーです。つまり、スロットルを戻す（全閉）たびに、配線がスロットルスリーブとストッパーに挟まり、徐々に配線の被覆が傷み、銅線が露出しリークするに至ったのでした。
配線の取り回しを変え復旧。渋かったスロットルも軽く回るようになりました、快適です。